Le projet Nanosite (Porté par Mathieu Métifiot) vient d’être accepté pour financement par l’ANRS sous la forme d’un contrat d’initiation.
L’objectif de ce projet est de mettre à profit les toutes dernières avancées technologiques pour à la fois simplifier les procédures de séquençage tout en donnant accès à beaucoup plus d’informations (génotype et sites d’intégration). Les procédures actuelles sont lourdes, couteuses et ne permettent d’accéder qu’à une fraction des sites d’intégration sans aucune données épigénétiques. Nous proposons de coupler la technologie Nanopore avec un ciblage par la Cas9 pour séquencer spécifiquement le génome proviral et son environnement. La technologie Nanopore permet le séquençage en temps réel de longs fragments d’ARN ou ADN. De plus, nous utiliserons la spécificité de reconnaissance et de clivage de la Cas9 pour initier le séquençage au niveau du provirus intégré. Cet enrichissement stratégique sans amplification PCR permettra un séquençage direct du génome viral et de son environnement cellulaire en seulement quelques étapes simples et rapide de biologie moléculaire (moins de 90 minutes contre plus de 3 jours actuellement). En plus d’identifier instantanément et à coup sûr le site d’intégration, la technologie Nanopore permettra également d’accéder au statut de méthylation du provirus et des régions cellulaires adjacentes, données inédites.